余衛字〔2023〕235號
縣（區）衛生健康委、管委會社會管理局（衛生健康服務中心）、市直市管醫療機構、市疾控中心：
為加強我市國家致病菌識別網建設，建立適合我市實際的細菌性傳染病監測預警工作機制和工作模式，為細菌性傳染病的監測和預防控制提供科學規范數據和分析決策依據，我委組織制定了《江西省新余市國家致病菌識別網細菌性傳染病監測工作方案》,請各單位遵照執行。
新余市衛生健康委員會
2023年9月4日
新余市致病菌識別網的細菌性傳染病監測工作方案（2023年）
國家致病菌識別網是由國家衛生健康委員會組織管理、 在全國疾控系統建立運行的細菌性傳染病實驗室監測和疫情分析網絡，國家致病菌識別網依托網絡化信息平臺，采用病原識別、分子分型、基因組流行病學等新技術，開展病原細菌實驗室和流行病學監測，應用于細菌性傳染病的監測預警和防控。
一、監測目的
（一）通過實驗室監測網絡，開展細菌性傳染病的病原學監測，從菌株特征角度盡早發現有暴發或流行風險的致病菌，從菌株同源性角度盡早識別潛在的暴發，提升傳染病疫情的實驗室病原學觸發能力。
（二）開展流行病學上已確認的暴發疫情的病原鑒定，快速識別致病菌、開展實驗室溯源分析、追蹤暴發感染來源，提升傳染病疫情的實驗室調查和應急處置能力。
（三）加強細菌性傳染病病原檢測鑒定和分析技術能力，完善致病菌生物學信息庫，掌握細菌性傳染病病原時空分布、病原特征及變異趨勢，為疫情趨勢分析、研判和防控決策提供科學依據。
（四）完善基于實驗室的監測信息分析系統，形成實驗室監測與流行病學調查處置相結合的信息化平臺，在疫情發現、溯源及處置工作中發揮重要作用。初步建立新余市本地的菌群庫，為今后疫情防控提供一定的數據支持。
二、監測時間
國家致病菌識別網是開展傳染病防控工作中的重要組成部分，納入各縣區傳染病防控的日常工作，所有網絡實驗室和哨點醫院全年開展監測分析。
三、監測內容和工作要求
（一）病原學哨點監測
基于國家致病菌識別網，開展細菌性傳染病病原學哨點監測。監測點：渝水區疾病預防控制中心、分宜縣疾病預防控制中心、新余市人民醫院、新余鋼鐵集團有限公司中心醫院、分宜縣人民醫院。具體任務見附件1。
1.監測病種
（1）法定傳染病相關病原監測
①腸道傳染病病原菌：霍亂弧菌、傷寒和副傷寒沙門菌、志賀菌、其他感染性腹瀉病原菌（非傷寒沙門菌、產腸毒素及志賀類毒素的大腸埃希菌、空腸彎曲菌、副溶血弧菌、小腸結腸炎耶爾森菌、艱難梭菌等）。
②呼吸道傳染病病原菌：腦膜炎奈瑟菌、百日咳鮑特菌、白喉棒狀桿菌、A組溶血性鏈球菌（致猩紅熱）等。
③自然疫源性傳染病病原菌：鼠疫耶爾森菌、炭疽芽胞桿菌、布魯氏菌、鉤端螺旋體等。
（2）其他重點傳染病病原監測
根據本地流行和新發傳染病實際情況，擴展的其他致病菌，以及其他引起公共衛生問題的病原菌，包括但不限于豬鏈球菌、萊姆病螺旋體、鼻疽伯克霍爾德菌、類鼻疽伯克霍爾德菌、巴爾通體、立克次體、鸚鵡熱衣原體、肺炎衣原體、肺炎支原體、軍團菌、非結核分枝桿菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、破傷風梭菌、創傷弧菌、肉毒桿菌、唐菖蒲伯克霍爾德菌、單增李斯特菌等。各地可以根據發病實際情況開展專項監測。
2.樣本采集、病原檢測
根據本市人口基數、傳染病流行和工作能力的實際情況合理安排樣本采集和病原檢測任務并報備任務分配情況至各哨點醫院。原則上要求腸道傳染病樣本、呼吸道傳染病樣本和自然疫源性傳染病樣本比例各占1/3。各哨點醫院完成樣本采集數見附件1。
可包括國家中心實驗室在年度監測過程中根據實時監測情況不定期發布的疫情協查、專項調查方案中需采集的非臨床樣本。
（1）腸道傳染病樣本
①樣本采集對象：每日腹瀉三次及以上、并伴糞便性狀改變的門診就診病例急性期糞便樣本。
②樣本采集時間和數量：每月采集，高發月份采樣量適當增多，但是全年各月均不少于5例。
③致病菌分離培養、多病原核酸檢測：分離培養的目的致病菌種類不少于6種（5+1），必須包括霍亂弧菌、副溶血弧菌、沙門菌、致瀉性大腸埃希菌、志賀菌，另外根據轄區內往年流行或分離情況從彎曲菌、小腸結腸炎耶爾森菌、艱難梭菌、艾伯特埃希菌等中自行選擇至少1種。分離培養陰性樣本開展腹瀉多病原核酸檢測。
（2）呼吸道傳染病樣本
①樣本采集對象
A.疑似百日咳病例：陣發性痙攣性咳嗽（典型百日咳樣咳嗽）或咳嗽兩周以上排除其他原因、加外周血白細胞增高的門診病例鼻咽拭子。
B.疑似猩紅熱病例：表現咽痛、粟粒樣皮疹、楊梅舌、伴或不伴發熱的就診病例（疑似猩紅熱病例）咽拭子。
C.肺炎病例：臨床影像學確診的肺炎患者的呼吸道、血液等樣本。
D.腦炎腦膜炎病例：臨床診斷為腦炎腦膜炎患者的腦脊液、血液等樣本。
②樣本采集時間和數量：各哨點醫院全年采集，高發月份采樣量適當增加。
③致病菌分離培養、多病原核酸檢測
A類樣本開展百日咳鮑特菌分離培養和核酸檢測；
B類樣本開展A組溶血性鏈球菌（猩紅熱鏈球菌）分離培養和核酸檢測；
C類樣本除了收集醫療機構常規細菌培養中分離的致病菌外，應開展肺炎支原體、軍團菌核酸檢測和分離培養；上述檢測陰性的樣本開展呼吸道多病原核酸檢測和/或宏基因組測序病原鑒定。
D類樣本除了收集醫療機構常規細菌培養中分離的致病菌外，應開展腦炎腦膜炎多病原核酸檢測和/或宏基因組測序病原鑒定。
（3）自然疫源性傳染病樣本
①樣本采集對象：疑似鼠疫、炭疽、布魯氏菌病、 鉤端螺旋體病、萊姆病、人感染豬鏈球菌病、立克次體病患者，或者發熱伴出血、發熱伴出疹患者樣本。
②樣本采集時間和數量：全年監測，各哨點醫院和縣區級網絡實驗室出現上述疑似病例應及時采集相應樣本開展檢測。
③致病菌分離培養：根據疾病癥狀，分別開展鼠疫耶爾森菌、炭疽芽胞桿菌、布魯氏菌、鉤端螺旋體、萊姆病 螺旋體、豬鏈球菌、傷寒沙門菌的分離培養和核酸檢測；上述檢測陰性的樣本開展多病原核酸檢測和/或宏基因組測序病原鑒定。
3.菌株收集
各哨點醫院、各縣區市疾控中心將本單位檢出的陽性菌株和陰性樣本及時送往市疾控中心。
菌株分離和收集來源包括：
上述腸道傳染病、呼吸道傳染病、自然疫源性傳染病樣本采集后分離的病原菌。
（2）地市級網絡實驗室對轄區內所有臨床醫療機構、公共衛生實驗室從臨床和非臨床樣本中分離到的下列傳染病相關致病菌及時（3個工作日內）收集和報送，至少包括：鼠疫耶爾森菌、霍亂弧菌、布魯氏菌、炭疽芽胞桿菌、傷寒和副傷寒沙門菌、志賀菌、產腸毒素及志賀類毒素的大腸埃希菌、小腸結腸耶爾森菌、腦膜炎奈瑟菌、百日咳鮑特菌、破傷風梭菌、軍團菌、豬鏈球菌、萊姆病螺旋體、鉤端螺旋體、土拉弗朗西斯菌、鼻疽伯克霍爾德菌、類鼻疽伯克霍爾德菌、唐菖蒲伯克霍爾德菌、諾卡菌、單增李斯特菌、艱難梭菌、創傷弧菌、肉毒桿菌等。
（3）新發突發傳染病疫情調查中涉及的致病菌。
4.菌株復核鑒定、基本特征檢測
地市級疾控中心對所有分離和收集的菌株進行菌種鑒定或復核鑒定、分子血清型（或血清型）、毒力基因（或毒力）篩查鑒定。其中霍亂弧菌、沙門菌、志賀菌、產腸毒素及志賀類毒素的大腸埃希菌、副溶血弧菌、豬鏈球菌、腦膜炎奈瑟菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌等開展分子血清型（或血清型）篩查鑒定；霍亂弧菌、志賀菌、大腸桿菌、副溶血弧菌、艱難梭菌開展毒力基因（或毒力）鑒定。
5.全基因組測序
新余市網絡實驗室完成全年分離和收集的全部菌株的全基因組序列框架圖測定。其中鼠疫耶爾森菌、霍亂弧菌、炭疽芽胞桿菌、腦膜炎奈瑟菌，以及新發突發傳染病疫情調查中分離的致病菌，盡快開展全基因組測序，最遲在獲得菌株后10 天(含節假日)內完成，并在國家致病菌識別網實驗室監測信息系統中填報數據；其余病原菌在3個月內完成 全基因組測序并填報數據。如開展疫情協查或專項調查，則按照疫情協查或專項調查的時限要求完成。
6.致病菌分子分型
新余市網絡實驗室完成致病菌的分子分型。不同病原細菌種或型采用不同的分子分型方法，主要包括脈沖場凝膠電泳 (PFGE)、多位點可變數目串聯重復序列分析 (MLVA)等， 按照國家致病菌識別網標準操作規程開展致病菌分子分型實驗和分析。
以下致病菌的分子分型實驗室在獲得菌株后7-10天(含節假日)內完成并在國家致病菌識別網實驗室監測信息系統中填報數據：(1)霍亂弧菌、傷寒和副傷寒沙門菌、產腸毒素及志賀類毒素的大腸埃希菌、志賀菌、腦膜炎奈瑟菌、鼠疫耶爾森菌、炭疽芽孢桿菌和布魯氏菌的 MLVA實驗；(2)新發突發傳染病疫情調查中分離的致病菌的 PFGE 實驗。其余致病菌分子分型實驗在獲得菌株后20天(含節假日)內完成并在國家致病菌識別網實驗室監測信息系統中填報數據。
7.致病菌耐藥性檢測
新余市網絡實驗室完成致病菌的耐藥性檢測。其中下述菌種必須開展耐藥性檢測：霍亂弧菌、傷寒和副傷寒沙門菌、志賀菌、產腸毒素及志賀類毒素的大腸埃希菌、彎曲菌(空腸彎曲菌和結腸彎曲菌)、鏈球菌(僅猩紅熱鏈球菌和肺炎 鏈球菌)、腦膜炎奈瑟菌；如上述菌種數量不足以完成年度任務，以鼠傷寒沙門菌、腸炎沙門菌補足；再次以其他病原菌補足。
（二）細菌性傳染病事件溯源調查
1.調查對象
（1）在實驗室監測工作中，30天內出現致病菌的分子分型或基因組特征相近的病例數量超過2個及以上的事件。
（2）全國突發公共衛生事件報告信息系統報告的細菌性傳染病事件。
2.調查數量
原則上發現一起調查一起。
3.調查采樣
針對上述兩類事件，除了開展流行病學調查，同時開展樣本采集。采集樣本的類型包括事件中任何疑似的傳染源、傳播媒介、易感人群樣本等。必要時擴大監測范圍，在轄區內設置監測點，每周采集事件相關樣本的同類樣本開展病原監測。
四、菌株和樣本的運輸
收集單位向上級單位運送菌株和樣本，應當按照《中華人民共和國傳染病防治法》、《病原微生物實驗室生物安全管理條例》、《可感染人類的高致病性病原微生物菌（毒）種或樣本運輸管理規定》和《人間傳染的病原微生物菌（毒）種保藏機構管理辦法》相關要求進行。為保證質量，需根據樣本和菌種保存物質的類型，采取冷鏈或常溫運輸。
五、信息收集和報送
各級哨點醫院和網絡實驗室參照國家致病菌識別網樣本信息采集表（見附件2），收集和整理樣本信息，記錄菌株信息和實驗室分析結果，及時填報國家致病菌識別網信息化系統。
1.哨點醫院
參照樣本信息采集表做好樣本或菌株信息記錄工作，及時報送信息表紙質版至疾控中心。
2.區縣級疾控中心
接收并審核轄區內哨點醫院樣本或菌株信息的完整性、準確性。按照信息表要求收集整理樣本或菌株信息，當天內報送信息表電子版至地市級網絡實驗室。
3.地市級網絡實驗室
接收并審核區哨點醫院、縣級疾控信息的完整性、準確性。當天將本單位以及轄區內病例和樣本信息等填報國家致病菌識別網信息化系統，按照監測內容和工作要求及時開展實驗室分析，獲得實驗結果后2天內填報國家致病菌識別網信息化系統。
六、質量管理
（一）培訓
根據致病菌識別網工作需求，國家級中心實驗室和省級中心實驗室可派出專家對部分網絡實驗室所在疾病預防控制中心技術人員進行現場培訓和指導。
（二）技術考核和工作評估
1.技術考核
（1）組織形式
考核分為國家級考核和省級考核。
國家級考核由國家疾控中心組織開展省級中心實驗室及轄區內網絡實驗室參加的網絡工作考核。
省級考核由省級疾控中心組織開展轄區內網絡實驗室參加的網絡工作考核。
國家級考核每年執行一次，在次年年初進行。省級考核應在國家級考核之前進行。
（2）考核內容
①盲樣考核：國家級中心實驗室對省級中心實驗室進行盲樣考核，省級中心實驗室負責組織本省地市級網絡實驗室的盲樣考核。國家級中心實驗室向省級網絡實驗室分發菌株和樣品，開展盲樣考核，內容包括細菌鑒定、耐藥性檢測和分子分型以及實驗結果反饋及時性、信息網絡傳輸及時性等方面。
②實驗質量考核：國家級中心實驗室以省為單位進行實驗質量考核，省級中心實驗室負責組織本省地市級網絡實驗室的實驗質量考核。考核內容包括查驗實驗記錄、檢查實驗方法、檢測標準品的合格率、查驗上報至信息系統的實驗結果檢查PFGE圖譜和基因組測序數據的質量達標率等。
③任務考核：及時準確完成內容與工作要求中的監測分析任務規定的菌株數量要求，完成率達到100%；菌株鑒定、耐藥檢測和分子分型等實驗均在規定時間內完成，時效率大于90%；信息記錄完整，均提交識別網中心數據庫，完整率大于90%。
2.工作評估
由國家衛生健康委組織中國疾病預防控制中心制定工作評估方案，對各級網絡實驗室進行綜合評分，評分結果由國家衛生健康委通報各省衛生行政部門。
（三）督導
1.國家級督導
國家衛生健康委組織中國疾病預防控制中心制訂督導方案，每年對部分省份進行督導檢查，并將督導情況反饋給省級衛生行政部門。
2.省級督導
省級衛生行政部門每年組織對本轄區部分網絡實驗室及哨點醫院進行督導檢查，及時發現問題，提出解決方案，并將督導報告上報國家衛生健康委及中國疾病預防控制中心備案。
3.地市級督導
地市級衛生行政部門或受其委托的單位負責本轄區區（縣）級實驗室及哨點醫院的日常督導，每年督導2次或以上。
七、組織管理與職責分工
國家致病菌識別網由各級衛生行政部門和業務實施單位組成。業務實施單位由各級疾控中心和各哨點醫院組成。按照統一部署、分級管理、分類指導的原則，科學有序的開展細菌性傳染病監測工作。
（一）衛生行政部門
國家衛健委負責管理國家致病菌識別網的建設和運行，組織編制和發布監測工作指導方案，定期組織督導考核，通報國家致病菌識別網監測工作進展。
省級、地市級、區縣級衛生健康行政部門負責組織、協調、督導和評估本轄區的識別網監測工作，為識別網工作提供必需的政策和經費支持。組織編制和發布轄區致病菌識別網監測工作方案。每年可定期組織對本轄區識別網的先進單位和先進個人進行表彰。
（二）地市級網絡實驗室
地市級網絡實驗室所屬單位承擔相關工作職能。
1.負責本地市識別網監測工作的具體組織、實施和協調，分配足額從事識別網工作的人員；開展識別網實驗室監測工作，負責本地機構細菌性傳染病監測和暴發處置的實驗室技術培訓和指導。
2.開展樣本和菌株分離，鑒定轄區內機構上送的菌株，按監測工作要求開展實驗室分析工作，及時填報反饋結果。
3.按要求上送陽性菌株至省級疾控中心進行復核。
4.每月對本地市識別網監測數據進行分析和反饋，以月報形式報送地市級衛生行政部門，并報上級疾控中心。
（三）縣區級疾控中心和哨點醫療機構
1.縣區級疾控中心
（1）縣區級疾控中心負責收集和轉運哨點醫院采集的相關生物樣本（包括陽性樣本和陰性樣本）和陽性菌株至上級疾控中心。
（2）獲取基本流行病學信息，核實信息完整性，報送信息數據至上級疾控中心。
（3）協助上級疾控中心開展轄區傳染病暴發疫情的調查處置。
2.哨點醫療機構
（1）指定專門科室和人員負責致病菌識別網監測工作。
（2）按照監測方案要求，做好生物樣本采集、鑒定與陰性樣本、陽性菌株保存上送工作。
（3）按照監測方案要求，充分利用醫院HIS系統，做好樣本相關信息登記工作。
（4）發生傳染病暴發疫情時，協助完成相關的病例調查工作。
（5）接受轄區疾控中心在識別網監測工作方面的技術指導和培訓，接受衛生行政機構的督導、考核和評估。
附件：1.各哨點醫院完成樣本采集數
2.樣本信息表
贛公網安備 36050202000078號
